漆黑的夜晚一名間諜悄然潛入日本警方某機構盜走了記載著各國諜報機構重要數據的絕密文件的絕密數據日本警方和FBI探員赤井秀一（池田秀一 配音）旋即與間諜展開追逐最後逃亡者的車輛墜落懸崖第二天柯南（高山南 配音）和夥伴們來到東都水族館觀光結果發現一名受傷的美麗女子（天海佑希 配音）該女子處於失憶狀態身上的手機也破損無法使用柯南等人答應要幫她恢複記憶當他們七嘴八舌之際藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德（小山茉美 配音）冷冷地注視著這一切在相處過程中女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀（林原惠美 配音）對其真實身份產生懷疑 　　剛剛還一派祥和的水族館沉浸在快樂之中的人們根本會想到隨著那名神秘女子技藝的恢複自己馬上就要被卷入黑暗組織的殺戮和混亂之中……