怪盜基德的預告信出現在了北海道函館斧江財閥的收藏庫中這次基德將要盜走的是江戸幕府時期新選組副長土方歲三的日本刀向來追逐奢華寶石的怪盜基德居然會看上刀此時被稱作西部名偵探的服部平次和柯南一行人也因為劍道大會來到了函館在基德執行預告的當日平次看穿了基德的偽裝並對其窮追不舍同一時間一具屍體在函館倉庫街被發現屍體的胸口有一個十字傷口搜查中出現了一位被叫做“死之商人”的活躍於亞洲一帶的美籍日裔軍火商這個人一直在尋找斧江家初代家主藏在函館的寶藏斧江家江戸幕府戰爭時代深耕軍需產業傳說那寶藏是能扭轉幕末紛爭的強力武器而這寶藏似乎和基德追逐欲盜取的刀有著千絲萬縷的聯係在基德瞄準刀的同時有一位劍士也在向基德逼近……